Hi everyone,<br />
<br />
I've come across an error while trying to use yt for parallel  analysis on Kraken. Wondering if its something people have seen before.<br />
<br />
I have my simple script that does slices of a few different quanties.  When I ran it with 12 tasks on Kraken, it worked fine for the first four  datasets, but crashed during the fifth one. I tried a simpler script  that just does a slice of density for that dataset, and it crashed again  with the same error:<br />
<br />
IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type<br />
<br />
When I ran this code again with only 1 task (still on Kraken, everything else the same), it worked fine. More of the output, as well as my job script and plotting script, are below.<br />
<br />
Since it works in serial , and works for some data sets, the problem seems to be something to do with parallelism. Is  there any sort of simple explanation or something I'm doing wrong?<br />
<br />
Just wondering if this is something people have come across before.<br />
<br />
--Greg<br />
<br />
(Last few lines of output)<br />
mg, mc, mv, pos = self.find_max_cell_location(field, finest_levels)<br />
mg, mc, mv, pos = self.find_max_cell_location(field, finest_levels)<br />
File  "/lustre/scratch/proj/sw/yt/current/lib/python2.7/site-packages/yt-2.1stable-py2.7-linux-x86_64.egg/yt/data_objects/object_finding_mixin.py",  line 69, in find_max_cell_location<br />
File  "/lustre/scratch/proj/sw/yt/current/lib/python2.7/site-packages/yt-2.1stable-py2.7-linux-x86_64.egg/yt/data_objects/object_finding_mixin.py",  line 69, in find_max_cell_location<br />
File  "/lustre/scratch/proj/sw/yt/current/lib/python2.7/site-packages/yt-2.1stable-py2.7-linux-x86_64.egg/yt/data_objects/object_finding_mixin.py",  line 69, in find_max_cell_location<br />
max_grid = self.grids[mg]<br />
IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type<br />
max_grid = self.grids[mg]<br />
max_grid = self.grids[mg]<br />
IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type<br />
IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type<br />
<br />
(Job script)<br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -A TG-AST090040<br />
#PBS -l size=12,walltime=2:00:00<br />
#PBS -j oe<br />
#PBS -N slicer<br />
<br />
cd /lustre/scratch/oshea/nested_ics_real1/analysis<br />
<br />
ls<br />
pwd<br />
<br />
export MPLCONFIGDIR=${PBS_O_WORKDIR}/.matplotlib/<br />
[ ! -d ${MPLCONFIGDIR} ] && mkdir ${MPLCONFIGDIR}<br />
<br />
module unload PrgEnv-pgi<br />
module load PrgEnv-gnu<br />
module load yt<br />
<br />
aprun -n 12 python ./simple_slice.py --parallel<br />
<br />
<br />
(simple_slice.py)<br />
from yt.mods import *<br />
<br />
DD = 40<br />
<br />
fileName = "../DD%s/DD%s" % ((str(DD)).zfill(4),  (str(DD)).zfill(4))<br />
<br />
pf = load(fileName)<br />
pc = PlotCollection(pf)<br />
<br />
pc.add_slice("Density", 0)<br />
<br />
pc.save("./%s" % str(DD).zfill(4))<br />
<br />
<br />