This still seems to be an issue.  Could someone just try running the latest install script on kraken to see if they get the same error?<br><br>Thanks,<br>Britton<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 19, 2011 at 11:20 PM, Britton Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:brittonsmith@gmail.com">brittonsmith@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi everyone,<br><br>I just tried a new install of yt on kraken form the install script.  It failed on installing h5py 1.3 with the following error:<br>
<br>******************************************<br>Configure: Autodetecting HDF5 settings...<br>
    Custom HDF5 dir:       /lustre/scratch/britton/local-dev<br>    Custom API level:      None<br>/opt/cray/xt-asyncpe/4.0/bin/cc: INFO: linux target is being used<br>/opt/cray/xt-asyncpe/4.0/bin/cc: INFO: linux target is being used<br>

/lustre/scratch/britton/local-dev/lib/libhdf5.a(H5Zdeflate.o): In function `H5Z_filter_deflate':<br>H5Zdeflate.c:(.text+0x134): undefined reference to `compress2'<br>H5Zdeflate.c:(.text+0x1ee): undefined reference to `inflateInit_'<br>

H5Zdeflate.c:(.text+0x209): undefined reference to `inflate'<br>H5Zdeflate.c:(.text+0x270): undefined reference to `inflateEnd'<br>H5Zdeflate.c:(.text+0x3de): undefined reference to `inflateEnd'<br>H5Zdeflate.c:(.text+0x410): undefined reference to `inflateEnd'<br>

/usr/bin/ld: link errors found, deleting executable `detect/vers'<br>collect2: ld returned 1 exit status<br><br>    Failed to compile HDF5 test program.  Please check to make sure:<br><br>    * You have a C compiler installed<br>

    * A development version of Python is installed (including header files)<br>    * A development version of HDF5 is installed (including header files)<br>    * If HDF5 is not in a default location, supply the argument --hdf5=<path><br>

******************************************<br>error: command 'cc' failed with exit status 1<br><br>I checked that the kraken yt install from the yt module is using h5py 1.2, which I believe suffers from the h5py bug that was mentioned not too long ago.  I double checked that I had gnu compiler module loaded, so I don't think that's it.  Does anyone have any ideas?<br>
<font color="#888888">
<br>Britton<br>
</font></blockquote></div><br>