Thanks Matthew,<div>you are very kind! Now the yt command works but I still have problems with the test script .... I checked at my file but it was already corrected ....<br><br><div class="gmail_quote">2011/4/25 Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Matteo,<br>
<br>
yt is installed into a fully local directory, without touching<br>
anything outside of it.  So -- worst case scenario is that you delete<br>
that directory, undo your changes to your environment variables, and<br>
it goes back to normal.<br>
<br>
There are three variables it tells you to change in the<br>
install_script.sh.  PATH, LD_LIBRARY_PATH, and PYTHONPATH.  It also<br>
tells you to set YT_DEST.  Here's how it looks in my .bashrc -- if you<br>
are using csh, yours would look differently.<br>
<br>
export YT_DEST=/home/mturk/yt-x86_64<br>
export PATH=$YT_DEST/bin:$PATH<br>
export LD_LIBRARY_PATH=$YT_DEST/lib:$LD_LIBRARY_PATH<br>
export PYTHONPATH=$YT_DEST/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH<br>
<br>
(These usually go at the bottom.)  Note that in the definition of PATH<br>
I also include the old value of PATH -- this is how programs like<br>
gnuplot and so on can be found.  But I include the YT_DEST path first,<br>
so that it gets searched before the other.<br>
<br>
If you use csh, this will look differently, but I don't know csh so I<br>
can't speak to how.<br>
<br>
Now, another important note is that if you try to re-set these in an<br>
existing shell, it won't bring back the original value of PATH -- if<br>
you mistakenly do something like "export PATH=/something" then the old<br>
version is gone, and you'll have to log out / log back in to get it<br>
back from the systemwide profile.<br>
<br>
Anyway, if you continue to have issues, it might be most productive if<br>
you show us what PATH and LD_LIBRARY_PATH are set to in the shell<br>
"echo $LD_LIBRARY_PATH" and "echo $PATH") and how you set them in your<br>
~/.bashrc or ~/.cshrc.<br>
<br>
-Matt<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Mon, Apr 25, 2011 at 5:07 AM, Matteo Tomassetti<br>
<<a href="mailto:m.tomassetti@gmail.com">m.tomassetti@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Matt,<br>
> I'm sorry but nothing works here! I changes the file as you said and run "yt<br>
> instinfo -u"....<br>
> I am still not able to launch yt on a shell and also to run the test<br>
> scripts!<br>
> Moreover, there has been conflicts with some other applications. Now when I<br>
> type "gnuplot" for example I receive the message command not found! I<br>
> checked the .profile and it seems ok. I'm a bit desperate now because yt<br>
> does not work and I also have lots of bugs in all other programs.<br>
> Please, help!<br>
><br>
> 2011/4/24 Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>><br>
>><br>
>> Hi Matteo and Cameron,<br>
>><br>
>> The second issue should be fixed in these revisions:<br>
>><br>
>> <a href="http://hg.enzotools.org/yt/changeset/2ac5c7fd4421" target="_blank">http://hg.enzotools.org/yt/changeset/2ac5c7fd4421</a><br>
>> <a href="http://hg.enzotools.org/yt/changeset/6ba145c8686b" target="_blank">http://hg.enzotools.org/yt/changeset/6ba145c8686b</a><br>
>><br>
>> So running "yt instinfo -u" should update the current yt installation<br>
>> to get it working.<br>
>><br>
>> And, Matteo, thank you very much for the kind words.  We hope yt can<br>
>> be useful for you, too, and appreciate the feedback!  If you run into<br>
>> anything else, please feel free to email back and let us know.  I will<br>
>> also look into replacing "wget" with "curl" as needed in the<br>
>> installation script -- thanks for the tip.  :)<br>
>><br>
>> Best,<br>
>><br>
>> Matt<br>
>><br>
>> On Sun, Apr 24, 2011 at 8:52 AM, Cameron Hummels<br>
>> <<a href="mailto:chummels@astro.columbia.edu">chummels@astro.columbia.edu</a>> wrote:<br>
>> > Hi Matteo,<br>
>> ><br>
>> > When you run the installer, there should be a few messages that it sends<br>
>> > to<br>
>> > you when it finishes.  One of those messages describes how to add yt to<br>
>> > your<br>
>> > new path and pythonpath environment variables.  If you follow these<br>
>> > instructions, it ought to set you straight.  So go ahead and rerun the<br>
>> > installer (don't worry, it won't break anything, or even take very long<br>
>> > to<br>
>> > run now that it is already installed), and make sure to follow the<br>
>> > instructions it presents you with at the end.<br>
>> ><br>
>> > That may fix your second error as well, but I'm not sure.  Give it a<br>
>> > shot.<br>
>> ><br>
>> > Cameron<br>
>> ><br>
>> > On 04/24/2011 04:16 AM, Matteo Tomassetti wrote:<br>
>> ><br>
>> > Hi there,<br>
>> > I'm trying to install yt on the new Mac OSX 10.6, Snow Leopard and I<br>
>> > have<br>
>> > some problems. I run the install script modifying "wget" with "curl -o"<br>
>> > and<br>
>> > the installation went ok. But then, when I type "yt" in my terminal I<br>
>> > receive the "command not found error". Moreover, if I go the the bin<br>
>> > directory of yt and type ./yt I enter the program but, trying to run the<br>
>> > first example I get this error message:<br>
>> > this is what I type in the bin directory:<br>
>> > ./yt halos src/yt-hg/tests/DD0010/moving7_0010/<br>
>> ><br>
>> > this is the error:<br>
>> > Traceback (most recent call last):<br>
>> >  File "./yt", line 9, in <module><br>
>> >    load_entry_point('yt==2.1stable', 'console_scripts', 'yt')()<br>
>> >  File<br>
>> ><br>
>> > "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/command_line.py",<br>
>> > line 961, in run_main<br>
>> >    sys.exit(YT.main())<br>
>> >  File "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/cmdln.py",<br>
>> > line 257, in main<br>
>> >    return self.cmd(args)<br>
>> >  File "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/cmdln.py",<br>
>> > line 280, in cmd<br>
>> >    retval = self.onecmd(argv)<br>
>> >  File "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/cmdln.py",<br>
>> > line 412, in onecmd<br>
>> >    return self._dispatch_cmd(handler, argv)<br>
>> >  File "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/cmdln.py",<br>
>> > line 1100, in _dispatch_cmd<br>
>> >    return handler(argv[0], opts, *args)<br>
>> >  File<br>
>> ><br>
>> > "/Users/matteotomassetti/yt-i386/src/yt-hg/yt/utilities/command_line.py",<br>
>> > line 387, in do_halos<br>
>> >    hp = HP.HaloProfiler(arg,opts.halo_parameter_file,**kwargs)<br>
>> > TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'radius'<br>
>> ><br>
>> > so my questions are:<br>
>> > 1) how can I call yt in any shell without going to the bin directory of<br>
>> > the<br>
>> > program every time?<br>
>> > 2) how can I fix the above bug?<br>
>> ><br>
>> > Please help me, yt looks really nice for what I have to do and I really<br>
>> > don't want to miss the chance to use it!<br>
>> > Cheers,<br>
>> > M.<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> > --<br>
>> > Cameron Hummels<br>
>> > PhD Candidate, Astronomy Department of Columbia University<br>
>> > Public Outreach Director, Astronomy Department of Columbia University<br>
>> > NASA IYA New York State Student Ambassador<br>
>> > <a href="http://outreach.astro.columbia.edu" target="_blank">http://outreach.astro.columbia.edu</a><br>
>> > PGP: 0x06F886E3<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Matteo Tomassetti<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Matteo Tomassetti<br>
</div>