Hi Matt,<br><br>  You diagnosed it perfectly. That fixed it. Thanks.<br><br>Best,<br>Nathan<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 17, 2011 at 5:46 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Nathan,<br>
<br>
Are you by any chance placing the slice on a grid boundary?  We<br>
sometimes see this; John ZuHone has seen it with FLASH as well, and it<br>
was solved by jittering the coordinate slightly.  (For what it's worth<br>
FLASH also uses CGS for its coordinates, which I think contributes to<br>
the mismatch.)  For instance,<br>
<br>
dx = pf.h.get_smallest_dx()<br>
center = na.zeros(3) + 1e-3 * dx<br>
pc = PlotCollection(pf, center)<br>
<br>
I think this comes from the two-step process that identifies cells<br>
that contribute to a slice.  The first step identifies grids that are<br>
intersected by a slice, and the second is cells within those grids.<br>
For some reason in some simulations when you slice right along a grid<br>
boundary, these two give different results.  I think I might know how<br>
to make this process symmetric, but I'm still not sure what the<br>
"right" thing to do is when the slice is inserted right at the grid<br>
boundary.<br>
<br>
Let me know if this helps out.<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Matt<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Sat, Apr 16, 2011 at 10:17 PM, Nathan Roth<br>
<<a href="mailto:nathaniel.roth@berkeley.edu">nathaniel.roth@berkeley.edu</a>> wrote:<br>
> Hi yt crew,<br>
><br>
>   I am analyzing some orion data, and I am finding that slices will not<br>
> display correctly for a simulation with 64 coarse AMR grids, although they<br>
> will display just fine if use 8 coarse grids. Outer grids on my slices are<br>
> appearing as blank white, and I've attached an example. I think the data<br>
> itself is fine, and if I plot along a ray in the same slice I see what I<br>
> expect (I've attached that, too). Note that the program units are cgs, which<br>
> is why the density field values on the ray are on the order of 1e-22. I'd be<br>
> happy to provide more details if they are needed.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Nathan<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br>