Hi Shankar,<br><br>It's tough to tell from the error output what the issue is.  If you want to check that it's an mpi4py issue, try running something like this:<br><br>from mpi4py import MPI<br>print MPI.COMM_WORLD.rank<br>
<br>If that fails as well, then it's definitely an issue with mpi4py.  Let us know how that goes.<br><br>Britton<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 14, 2011 at 11:06 AM, Agarwal, Shankar <span dir="ltr"><<a href="mailto:sagarwal@ku.edu">sagarwal@ku.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi,<br>
<br>
I have a volume_render.py script that runs fine on the login node on NCSA-EMBER. But the same script crashes with the following error when run through qsub.<br>
<br>
MPI: MPI_COMM_WORLD rank 0 has terminated without calling MPI_Finalize()<br>
MPI: aborting job<br>
MPI: Received signal 11<br>
<br>
<br>
My batch script is...<br>
<br>
#!/bin/sh -x<br>
#PBS -l walltime=00:10:00<br>
#PBS -l mem=32000mb<br>
#PBS -l ncpus=1<br>
#PBS -q debug<br>
#PBS -V<br>
#PBS -A TG-AST080030N<br>
#PBS -N movie<br>
#PBS -m be<br>
#export MPI_MEMMAP_OFF=1<br>
cd /gpfs1/u/ac/sagarwal/junk<br>
mpirun -np 1 /u/ac/sagarwal/software/enzo/src/yt/doc/yt-x86_64/bin/python2.6 volume_render.py<br>
<br>
<br>
<br>
Here are the first few lines of the volume_render.py...<br>
<br>
import matplotlib;matplotlib.use("Agg");import pylab<br>
import numpy as na<br>
import time<br>
from yt.config import ytcfg; ytcfg["yt","loglevel"] = '50' ; ytcfg["lagos","serialize"] = "False"<br>
<br>
from yt.mods import *<br>
from yt.extensions.volume_rendering import *<br>
from yt.funcs import *<br>
mh = na.log10(1.67e-24)<br>
from mpi4py import MPI<br>
<br>
<br>
Please let me know if it may have something to do with mpi4py.<br>
Shankar<br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br>