Sorry to be sounding like an idiot.  I tried the above from scratch and it actually failed the way it did the first time.  It only worked because I reran the install_script after building numpy by hand.  I also get the same error on the Cython install, but building it by hand also works there, too.<br>
<br>Britton<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 27, 2011 at 11:24 AM, Britton Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:brittonsmith@gmail.com">brittonsmith@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Matt,<br><br>Just for the record, I tried this and it does work.  Thanks!<br><font color="#888888"><br>Britton</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 27, 2011 at 11:20 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Britton,<br>
<br>
I'm not sure.  It should be the same outcome. ... except that I think<br>
I meant to write in my email that you should put:<br>
<br>
export LDFLAGS="-L${DEST_DIR}/lib"<br>
<br>
instead of just setting the variable.  I think that may have been the<br>
problem.  I'm glad that it works now, however -- and I'm sorry for my<br>
typo.<br>
<br>
-Matt<br>
<div><div></div><div><br>
On Thu, Jan 27, 2011 at 11:14 AM, Britton Smith <<a href="mailto:brittonsmith@gmail.com" target="_blank">brittonsmith@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Matt and all,<br>
><br>
> Thanks for the advice.  I tried setting the LDFLAGS variable, but got the<br>
> same outcome.  I tried again after adding the appropriate stuff to PATH,<br>
> PYTHONPATH, and LD_LIBRARY_PATH, with no luck.  Then, I simple went into the<br>
> numpy source dir that was created by the install script and did "python<br>
> setup.py install" and everything went fine.  Matt, what is different about<br>
> the install script than just doing what I did?<br>
><br>
> Britton<br>
><br>
> On Thu, Jan 27, 2011 at 8:29 AM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> Geoffrey -- Stephen's right Britton's experimenting with using shared<br>
>> libraries as linked from Enzo, which isn't quite as applicable.  The<br>
>> idea being that a static compilation is a great deal of work; most<br>
>> (but not all) of the time spent in symbol loading is frontloaded to<br>
>> the calculation, so a shared library loading can be efficient at<br>
>> medium scales.  (Certainly more efficient that building statically, if<br>
>> you look at wall clock time from the beginning of your time investment<br>
>> to the end results.)<br>
>><br>
>> Additionally, I believe that the static compile option is now somewhat<br>
>> easier than we previously thought, because in recent memory Python has<br>
>> added the option to explicitly request the CXX compiler be used for<br>
>> linking rather than LD or CC.  I tested this myself last month and I<br>
>> was able to get a static build without too much trouble; I was not,<br>
>> however, able to get "Freeze" to work on it, which would have frozen<br>
>> the .py files into .c files, built a single executable containing all<br>
>> the symbols, and all around been pretty rad.<br>
>><br>
>> Britton -- I've run a set of tests on triton and I was not able to<br>
>> replicate the problem you see.  BUT, in doing so, I think I remember<br>
>> seeing this with a hand-built installation a while back.  I believe<br>
>> the solution is to set the environment variable LDFLAGS in the<br>
>> install_script.sh.  There may be a more permanent way of doing this,<br>
>> but I don't know what it is.  I set mine (back then) in my environment<br>
>> variables, but you should be able to add this line:<br>
>><br>
>> LDFLAGS="-L${DEST_DIR}/lib"<br>
>><br>
>> just below the line YT_DIR="" in the installation script.  If you can<br>
>> give that a shot, I think it might clear things up.  As a quick note,<br>
>> you should avoid linking against the whatever/config/ directory,<br>
>> because it contains the .a file, whereas you want the .so file which<br>
>> is just under lib.<br>
>><br>
>> Good luck,<br>
>><br>
>> Matt<br>
>><br>
>> On Wed, Jan 26, 2011 at 6:49 PM, Stephen Skory <<a href="mailto:stephenskory@yahoo.com" target="_blank">stephenskory@yahoo.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>> > Geoffrey,<br>
>> ><br>
>> >> Stephen is the expert for YT on Kraken, something about the scratch<br>
>> >> disk<br>
>> >> cannot see the home directories when running jobs and requires static<br>
>> >> linked libraries.<br>
>> ><br>
>> > That is not entirely correct anymore, and I don't think that is what<br>
>> > Britton's problem is. Yes, the compute nodes cannot see the home disk, but I<br>
>> > think Britton is building things using a login node. So disk visibility<br>
>> > should not be his problem. Also, Kraken now supports shared object loading,<br>
>> > so the static build option that I am renowned for (?!) isn't necessary<br>
>> > unless you want to run python/yt inline, which is what Britton is trying to<br>
>> > do. As to Britton's problem, I don't know what is going on, sorry!<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> >  Stephen Skory<br>
>> > <a href="mailto:stephenskory@yahoo.com" target="_blank">stephenskory@yahoo.com</a><br>
>> > <a href="http://stephenskory.com/" target="_blank">http://stephenskory.com/</a><br>
>> > <a href="tel:+15106213687" target="_blank"></a><a href="tel:+15106213687" target="_blank">510.621.3687</a> (google voice)<br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-users mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-users mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-users mailing list<br>
<a href="mailto:yt-users@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-users@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-users-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>