Hi everybody,<br><br>A quick followup:  at Sam Skillman's suggestion, I removed the .harrays and .yt files that were already existing in the DD0050 directory.  After removing these, everything worked fine.<br><br>Thanks for the quick turnaround!<br>
<br>--Brian<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 18, 2010 at 2:05 PM, Brian O'Shea <span dir="ltr"><<a href="mailto:bwoshea@gmail.com">bwoshea@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear yt-users,<br><br>I'm having a strange problem with yt (svn trunk, r1693).  If I run this script:<br><br>from yt.mods import *<br>fn = "DD0050/DD0050"<br>pf = load(fn)<br>dd = pf.h.all_data()<br><br>I get the following error:<br>

<br>yt         INFO       2010-04-18 13:41:48,183 Getting the binary hierarchy<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "<stdin>", line 1, in <module><br>  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/src/yt-trunk-svn/yt/lagos/OutputTypes.py", line 150, in _get_hierarchy<br>

    self.__hierarchy = self._hierarchy_class(self, data_style=self.data_style)<br>  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/src/yt-trunk-svn/yt/lagos/HierarchyType.py", line 374, in __init__<br>    AMRHierarchy.__init__(self, pf, data_style)<br>

  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/src/yt-trunk-svn/yt/lagos/HierarchyType.py", line 55, in __init__<br>    self._parse_hierarchy()<br>  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/src/yt-trunk-svn/yt/lagos/HierarchyType.py", line 435, in _parse_hierarchy<br>

    if self._parse_binary_hierarchy(): return<br>  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/src/yt-trunk-svn/yt/lagos/HierarchyType.py", line 506, in _parse_binary_hierarchy<br>    self.grid_dimensions[:] = f["/ActiveDimensions"][:]<br>

  File "/mnt/home/oshea/yt-x86_64/lib/python2.6/site-packages/h5py-1.2.0-py2.6-linux-x86_64.egg/h5py/highlevel.py", line 961, in __getitem__<br>    basetype = self.id.dtype<br>  File "h5d.pyx", line 109, in h5py.h5d.DatasetID.dtype.__get__ (h5py/h5d.c:1423)<br>

  File "h5t.pyx", line 364, in h5py.h5t.TypeID.dtype.__get__ (h5py/h5t.c:2919)<br>  File "h5t.pyx", line 367, in h5py.h5t.TypeID.py_dtype (h5py/h5t.c:2976)<br>TypeError: No NumPy equivalent for TypeIntegerID exists<br>

<br>I installed this version of yt on MSU's supercomputer using the install script at <a href="http://svn.enzotools.org/yt/trunk/doc/install_script.sh" target="_blank">http://svn.enzotools.org/yt/trunk/doc/install_script.sh</a> (the supercomputer uses gcc v4.1.2), and as far as I can tell everything relevant, including hdf5 and h5py, installed successfully.  The same simple set of commands works fine on my laptop with the same dataset.  I'm pointing my LD_LIBRARY_PATH environmental variable to the correct directory, so I don't think it's that.  Any ideas about what's going on here?<br>

<br>Some more system details:  The output of uname -a for this system is is "Linux dev-amd09 2.6.16.60-0.21-smp #1 SMP Tue May 6 12:41:02 UTC 2008 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux".  The system uses gcc v4.1.2 and I'm installing yt _without_ wxPython.<br>

<br>Thanks,<br><font color="#888888">Brian<br>
</font></blockquote></div><br>