<div dir="ltr">Sorry everyone, you can ignore this last message.  It is a duplicate that I mistakenly released from the spam filter.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 30, 2017 at 11:58 AM, Benny Tsang <span dir="ltr"><<a href="mailto:bthtsang@astro.as.utexas.edu" target="_blank">bthtsang@astro.as.utexas.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi yt developers,<span class=""><br>
<br>
I'm trying to produce 3D streamlines using the AMR data from FLASH following the yt-project tutorial <a href="http://yt-project.org/doc/visualizing/streamlines.html" target="_blank">http://yt-project.<wbr>org/doc/visualizing/<wbr>streamlines.html</a>. However, the execution
 was very slow (in particular, at the 'Streamlines' call). The code didn't complete one single streamline after an hour. <br>
<br>
Here's the excerpt of my code:
<div>—————</div>
<div>c = ds.domain_center<br>
<br>
</div>
<div>streamlines = Streamlines(ds, c, 'velx', 'vely', 'velz', length=1.0*pc, get_magnitude=False)<br>
streamlines.integrate_through_<wbr>volume()<br>
<br>
fig=plt.figure()<br>
ax = Axes3D(fig)<br>
for stream in streamlines.<wbr>streamlines:<br>
  stream = stream[np.all(stream != 0.0, axis=1)]<br>
  ax.plot3D(stream[:,0], stream[:,1], stream[:,2], alpha=0.1)<br>
<br>
plt.savefig('streamlines.png')</div>
<div>—————</div>
<div><br>
</div>
<div>I have two thoughts:</div>
<div>1. My FLASH file is quite large (~10GB). It may just be slow because of the large AMR grid size. Are there any ways to read only the velocities off the grid or only a subsection of the grid?</div>
<span>2. FLASH's octree data structure may be incompatible with the AMRKDTree construction (first step in streamlines creation). In the doc string of AMRKDTree, it says "Not applicable to particle or octree-based datasets.". If it's the case, I may
 have to find another way out.</span>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span>Thank you very much for your time! Have a great weekend!</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span>Best,</span></div>
<div><span>Benny</span></div>
</span></div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.<wbr>org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>