<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 7, 2016 at 1:30 PM, John Zuhone <span dir="ltr"><<a href="mailto:jzuhone@gmail.com" target="_blank">jzuhone@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div name="messageBodySection">Hi everyone,
<div><br></div>
<div>I just issued PR 2465 (<a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/pull-requests/2465/wip-port-the-spectral_integrator-analysis/" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_<wbr>analysis/yt/pull-requests/<wbr>2465/wip-port-the-spectral_<wbr>integrator-analysis/</a>) to port the spectral integrator analysis module (originally written by Britton) under yt.fields. spectral_integrator is an analysis module that creates X-ray emission fields in user-specified energy bands. </div>
<div><br></div>
<div>The hitch is that spectral_integrator uses HDF5 tables to compute the emissivity, since they are not analytical functions. We currently host those tables on <a href="http://yt-project.org/data" target="_blank">yt-project.org/data</a>. spectral_integrator downloads them automatically if the analysis module is used and they are not present. </div>
<div><br></div>
<div>There was some discussion on Slack as to whether or not this is the correct approach, since it’s not ideal for certain computing environments (e.g., HPC). </div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Also a problem for e.g. packaging yt on linux distros.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div name="messageBodySection"><div>The files are a total of about 2.4 MB in size, so there is some reticence to bundling them with yt. </div></div></div></blockquote><div><br></div><div>So my main concern here is adding them to the repo. If you could figure out a way to add them to the source distribution without including them in the repo (and then issue an error with a URL for non-sdist builds of yt [e.g. from the repo]), it wouldn't be a problem.</div><div><br></div><div>This isn't really a generic solution for all binary files we might want to send to users, but 2.4 MB isn't all that big to be part of an sdist or wheel.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div name="messageBodySection"><div></div>
<div>There is also the issue that uploading new versions of the tables breaks backward-compatibility. I have sacrificed backwards-compatiblity for considerable simplification of code.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I think the solution is just to use different names for the files or the hdf5 datasets or groups here so the code can tell the difference.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div name="messageBodySection">
<div><br></div>
<div>Does anyone have any ideas about the best way to handle this issue?</div>
<div><br></div>
<div>Best,</div>
<div><br></div>
<div>John Z</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.spacepope.org/<wbr>listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.<wbr>org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>