<div dir="ltr">Indeed, we were seeing several of the 'Failed to split.' messages.  I don't know enough about the kD-tree stuff to know whether or not that was a game-breaker.  It didn't throw an error during split_grid, so I assumed it was still going about its business.<br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 16, 2014 at 5:41 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On Tue, Jul 15, 2014 at 6:18 PM, Sam Skillman <<a href="mailto:samskillman@gmail.com">samskillman@gmail.com</a>> wrote:<br>

> Hi all,<br>
><br>
> VR for particle-based simulations doesn't currently work, but I'm not<br>
> entirely sure why. At some point I thought we could render the deposited<br>
> fields but I haven't checked/tried in a while.<br>
<br>
</div>My recollection is that it's unrelated to the camera interface, but is<br>
instead something with the kD-tree trying to split octs<br>
(unsuccessfully), which affects RAMSES and ART data as well.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
><br>
> As Cameron mentioned, we're moving towards a new (and hopefully better!)<br>
> camera system (albeit slowly due to me being away from this for a while),<br>
> but the timescale on that is not set in stone. I expect the new camera<br>
> interface will first be implemented for grid-based datasets. Then we can<br>
> hopefully have others that are more familiar with rendering options for<br>
> particle datasets help implement new methods that are beyond just particle<br>
> splatting.<br>
><br>
> Cheers,<br>
> Sam<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> On Tue, Jul 15, 2014 at 3:16 PM, Chris Malone <<a href="mailto:chris.m.malone@gmail.com">chris.m.malone@gmail.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Ok, thanks guys.  I figured that was the case with VR, but wanted to<br>
>> double check.<br>
>><br>
>> The field docs will be a great boon; as it is, things are quite confusing.<br>
>><br>
>> Nice talk Nathan!<br>
>><br>
>> Chris<br>
>><br>
>><br>
>> On Tue, Jul 15, 2014 at 4:06 PM, Cameron Hummels <<a href="mailto:chummels@gmail.com">chummels@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> I don't think VR is working for particle-based datasets as of yet.  The<br>
>>> volume rendering interface is being redesigned right now, but its release<br>
>>> has been postponed until yt 3.1 unfortunately.  When it is released it will<br>
>>> handle all particle-based datasets as well as grid-based datasets.<br>
>>><br>
>>> I know Matt is working on the field docs right now, so they should be<br>
>>> ready somewhat soon.<br>
>>><br>
>>><br>
>>> On Tue, Jul 15, 2014 at 3:00 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> On Tue, Jul 15, 2014 at 2:56 PM, Chris Malone <<a href="mailto:chris.m.malone@gmail.com">chris.m.malone@gmail.com</a>><br>
>>>> wrote:<br>
>>>>><br>
>>>>> Thanks for the feedback, Nathan.<br>
>>>>><br>
>>>>> In slices, I was plotting 'all_density', which is a 'deposit' field.<br>
>>>>> I'll try looking at 'Gas_smoothed_density' ...<br>
>>>>><br>
>>>><br>
>>>> ('deposit', 'all_density') uses nearest neighbor deposition.  There's<br>
>>>> also ('deposit', 'all_cic') which does cloud-in-cell.<br>
>>>><br>
>>>> ('deposit', 'Gas_smoothed_density') is aliased to ('gas', 'density') or<br>
>>>> just 'density'.  This way we can access gas fields in an SPH dataset just<br>
>>>> like with a grid dataset.<br>
>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> I'll see about getting permission to pass along the dataset.  For the<br>
>>>>> time being, do you know of any notebook or cookbook recipe that shows how to<br>
>>>>> do this for particle data?  I couldn't seem to find anything.<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> Yes, there's an example in the docs using tipsy data:<br>
>>>> <a href="http://yt-project.org/docs/dev-3.0/examining/loading_data.html#tipsy-data" target="_blank">http://yt-project.org/docs/dev-3.0/examining/loading_data.html#tipsy-data</a><br>
>>>><br>
>>>> I also went into a bit of depth about working with SPH data in my scipy<br>
>>>> talk: <a href="http://www.youtube.com/watch?v=sNkN7nyj4nE" target="_blank">www.youtube.com/watch?v=sNkN7nyj4nE</a><br>
>>>><br>
>>>> I don't think there's an example of volume rendering SPH data floating<br>
>>>> around, thus my uncertainty about it working or not.<br>
>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> Chris<br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> On Tue, Jul 15, 2014 at 3:43 PM, Nathan Goldbaum<br>
>>>>> <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> On Tue, Jul 15, 2014 at 2:35 PM, Chris Malone<br>
>>>>>> <<a href="mailto:chris.m.malone@gmail.com">chris.m.malone@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Hi all,<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Caveat: I'm not that familiar with particle-based datasets/codes.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> I'm unsuccessfully trying to help a summer student do some<br>
>>>>>>> visualization of someone else's Gadget binary data dump.  What is the status<br>
>>>>>>> of volume rendering SPH/Gadget data in 3.0?<br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> Not sure about volume rendering.  I believe it should work for<br>
>>>>>> particle/octree data but haven't tried it recently.<br>
>>>>>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> When I've tried what I know works for grid-based data, the returned<br>
>>>>>>> image is simply empty.  Projections look okay (for some variables), and<br>
>>>>>>> Slices look worse as there are blank splotches, likely due to emptiness in<br>
>>>>>>> the tree.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> What field are you slicing?  There shouldn't be empty spots for SPH<br>
>>>>>> smoothed fields.<br>
>>>>>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Also, is there a list somewhere that describes/defines what the<br>
>>>>>>> various fluid types mean (e.g. 'all', 'gas', 'deposit', etc)?  If not, it<br>
>>>>>>> might be nice to have somewhere in the docs.<br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> There are several open issues about this. We won't be releasing yt-3.0<br>
>>>>>> until these docs are written.<br>
>>>>>><br>
>>>>>> 'all' is the union that contains all particle data.<br>
>>>>>><br>
>>>>>> 'gas' (lowercase g) corresponds to SPH smoothed quantities for Gadget.<br>
>>>>>> In binary datasets, the Gas particle type corresponds to the gas particles.<br>
>>>>>><br>
>>>>>> 'deposit' corresponds to fields that are deposited onto the octree<br>
>>>>>> mesh using a particle type. The SPH smoothed fields are actually defined<br>
>>>>>> here, 'gas' is just an alias to the smoothed deposition fields.<br>
>>>>>><br>
>>>>>> If you have more specific questions (even better if you have an<br>
>>>>>> example script and a dataset) one of us should be able to help you out more.<br>
>>>>>><br>
>>>>>> -Nathan<br>
>>>>>><br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> Chris<br>
>>>>>>><br>
>>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>>> yt-dev mailing list<br>
>>>>>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>>>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>><br>
>>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>>> yt-dev mailing list<br>
>>>>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>><br>
>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>> yt-dev mailing list<br>
>>>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> yt-dev mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> Cameron Hummels<br>
>>> Postdoctoral Researcher<br>
>>> Steward Observatory<br>
>>> University of Arizona<br>
>>> <a href="http://chummels.org" target="_blank">http://chummels.org</a><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> yt-dev mailing list<br>
>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>