<div dir="ltr">I'm not very familiar with this part of the codebase - how would I go about doing this with the contour finder?<div><br></div><div>I'm also happy to open a trello card about this so we can come back to this before the release.</div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jun 29, 2014 at 4:02 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Yup, looks like.  Try it with the contour finder, and we can try to<br>
update the clump finder appropriately.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Sun, Jun 29, 2014 at 5:48 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Ah, thanks for the tip.  Guess I should have looked at the code!  I managed<br>
> to get past that error by making the following modification:<br>
> <a href="http://paste.yt-project.org/show/4859/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/4859/</a><br>
><br>
> Sadly it dies a little further on with this error:<br>
> <a href="http://paste.yt-project.org/show/4860/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/4860/</a><br>
><br>
> When I poke around with a debugger, it looks like it's trying to access<br>
> field data for the level-2 clump region, but the data object is empty.<br>
><br>
><br>
> On Sun, Jun 29, 2014 at 3:39 PM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> On Sun, Jun 29, 2014 at 5:38 PM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>> > Hi Nathan,<br>
>> ><br>
>> > On Sun, Jun 29, 2014 at 5:31 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> >> Hi all,<br>
>> >><br>
>> >> I'm taking a look at the plotting docs right now.<br>
>> >><br>
>> >> One of the scripts in the callback documentation currently fails with a<br>
>> >> NotImplementedError.<br>
>> ><br>
>> > Ah, this is a side-effect of pf.h not having the .grids attribute;<br>
>> > simple fix.  The clump finder should work -- I completely rewrote the<br>
>> > it for 3.0.  There is a lingering issue with the way clump IDs are<br>
>> > assigned, which was the subject of a failed PR:<br>
>><br>
>> Sorry, let me rephrase that: I completely rewrote the *contour<br>
>> identifier* for 3.0.  The clump finder is a layer on top of that.<br>
>><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > <a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/pull-request/717/be-much-more-careful-about-assigning-clump" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/pull-request/717/be-much-more-careful-about-assigning-clump</a><br>


>> ><br>
>> > The issue is that the clump IDs don't quite match up for some types of<br>
>> > data, particularly multiple root grids.  I have some scripts here to<br>
>> > verify it.<br>
>> ><br>
>> >><br>
>> >> The somewhat scipt is here: <a href="http://paste.yt-project.org/show/4857/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/4857/</a><br>
>> >><br>
>> >> And the traceback is here: <a href="http://paste.yt-project.org/show/4858/" target="_blank">http://paste.yt-project.org/show/4858/</a><br>
>> >><br>
>> >> I'm not sure whether anyone has looked in detail at the clump finder in<br>
>> >> 3.0.<br>
>> >> Does anyone know about its status?  I'm not even sure if this is an<br>
>> >> issue<br>
>> >> with the clump finder per se.<br>
>> >><br>
>> >> -Nathan<br>
>> >><br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> yt-dev mailing list<br>
>> >> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> >> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>> >><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
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><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
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yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
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