<div dir="ltr">I gotcha.  And even though the dataset used in the 2.x docs was non-periodic, yt assumed it was periodic and all the ghost-zones were defined.  I see.<div><br></div><div>To address this, I like the idea of either including an extra layer of ghost-zone cells around non-periodic datasets, so that fields like vorticity, shear, etc. *are* defined for these datasets, but at the very least, if we don't do this, could we have an error message describing that such a field is not defined for non-periodic datasets?</div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 26, 2014 at 6:23 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="">On Thu, Jun 26, 2014 at 8:22 AM, Cameron Hummels <<a href="mailto:chummels@gmail.com">chummels@gmail.com</a>> wrote:<br>


> Is it clear why this issue cropped up in 3.0, but not in 2.x?  I don't<br>
> remember the vorticity_squared field being a problem in this cookbook recipe<br>
> in the 2.x docs.  What change broke this functionality?<br>
><br>
<br>
</div>I'll reply to Mike's email later, but the issue here is that we now no<br>
longer assume periodicity.  So if you ask for a region that extends<br>
off the edge of the domain, and your data is not periodict, it won't<br>
wrap around.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Cameron<br>
><br>
><br>
> On Wed, Jun 25, 2014 at 3:49 PM, Michael Zingale<br>
> <<a href="mailto:michael.zingale@stonybrook.edu">michael.zingale@stonybrook.edu</a>> wrote:<br>
>><br>
>> There are a lot of different types of boundary conditions, and some codes<br>
>> take different actions depending on the variable, so it would be difficult<br>
>> to support everything.  I have the Maestro front-end reading in the boundary<br>
>> type, but I usually have to override it to periodic to get yt to work.<br>
>><br>
>> One option is to provide just the minimum types of boundaries, a<br>
>> zero-gradient/Neumann/outflow, and a reflection (perhaps that does<br>
>> odd-reflection for vectors normal to the interface).  This should cover most<br>
>> of the standard use cases (maybe a survey of what types of boundaries people<br>
>> use would help?).  To close the remaining gap, there could be a standard<br>
>> function interface that a user or frontend writer could provide to handle<br>
>> "custom" BCs.<br>
>><br>
>> It would also be useful to know what routines need boundary conditions and<br>
>> how many ghost cells are needed.<br>
>><br>
>><br>
>> On Wed, Jun 25, 2014 at 6:33 PM, Nathan Goldbaum <<a href="mailto:nathan12343@gmail.com">nathan12343@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Maybe just fill the ghost zones with zeros?  If we're feeling really<br>
>>> ambitious we could read in the boundary conditions for the simulation and do<br>
>>> whatever is appropriate for those BCs.<br>
>>><br>
>>><br>
>>> On Wed, Jun 25, 2014 at 3:25 PM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>><br>
>>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Hi all,<br>
>>>><br>
>>>> What should we do (in general) about non-periodic datasets and getting<br>
>>>> ghost zones for the domain edges?<br>
>>>><br>
>>>> This is the reason that the cookbook recipe<br>
>>>> simple_slice_with_multiple_fields.py fails -- it's trying to get<br>
>>>> vorticity (needs GZs) for a non-periodic dataset.<br>
>>>><br>
>>>> Fixing the cookbook only requires swapping out the dataset, but I<br>
>>>> thought we should probably open this discussion up a bit too.<br>
>>>><br>
>>>> -Matt<br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> yt-dev mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> yt-dev mailing list<br>
>>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Michael Zingale<br>
>> Associate Professor<br>
>><br>
>> Dept. of Physics & Astronomy • Stony Brook University • Stony Brook, NY<br>
>> 11794-3800<br>
>> phone:  <a href="tel:631-632-8225" value="+16316328225">631-632-8225</a><br>
>> e-mail: <a href="mailto:Michael.Zingale@stonybrook.edu">Michael.Zingale@stonybrook.edu</a><br>
>> web: <a href="http://www.astro.sunysb.edu/mzingale" target="_blank">http://www.astro.sunysb.edu/mzingale</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Cameron Hummels<br>
> Postdoctoral Researcher<br>
> Steward Observatory<br>
> University of Arizona<br>
> <a href="http://chummels.org" target="_blank">http://chummels.org</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Cameron Hummels<div>Postdoctoral Researcher</div><div>Steward Observatory</div><div>University of Arizona</div><div><a href="http://chummels.org" target="_blank">http://chummels.org</a></div>


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