<div dir="ltr">Hi Jeff,<div><br></div><div>(Offline we went back and forth a bit, I think what we came to was probably right. I just want to follow up here.)</div><div><br></div><div>The issue seems to be that during the construction of vertex-centered data, the periodicity of the fields are assumed, and the streamlines go nuts.  The ideal fix is to get non-periodic vertex-centered data working, but that might take a bit. The quick fix/hack is to modify either the get_vertex_centered_data function in yt/data_objects/grid_patch.py or the logic in _integrate_through_brick in yt/visualization/streamlines.py.  You could cut off the integration when it gets close to dx away from the left/right domain edges.</div>

<div><br></div><div>Sorry this was buried, we should probably raise some sort of warning if the simulation data is not periodic.</div><div><br></div><div>Sam</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">

On Fri, Mar 7, 2014 at 3:19 PM, j s oishi <span dir="ltr"><<a href="mailto:jsoishi@gmail.com" target="_blank">jsoishi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">HI Sam,<div><br></div><div>Nope, that gives identical results. Any other thoughts?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>j</div></font></span></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 7, 2014 at 5:15 PM, Sam Skillman <span dir="ltr"><<a href="mailto:samskillman@gmail.com" target="_blank">samskillman@gmail.com</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jeff,<div><br></div><div>After integrate_trhough_volume, can you call:</div><div>streamlines.clean_streamlines()</div>


<div><br></div><div>In reading this function, I think it will fail since with it complaining about not having a .magnitudes, so perhaps first edit that function to take out the references to self.magnitudes? </div>

<div><br></div><div>The reason I suggest this is that I don't see where in your script it goes through and cleans up the ones that left the domain.  </div><div><br></div><div>If that doesn't help, let me know and I'll dive further in to this.</div>




<div><br></div><div>Sorry for the hassle,</div><div>Sam</div>
<div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Fri, Mar 7, 2014 at 1:34 PM, j s oishi <span dir="ltr"><<a href="mailto:jsoishi@gmail.com" target="_blank">jsoishi@gmail.com</a>></span> wrote:<br>




</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi All (especially Sam),<div><br></div><div>I'm trying to understand some behavior in the streamlines that I don't completely understand. I've documented the problem in a notebook here:</div>




<div>
<br></div><div><a href="https://hub.yt-project.org/nb/2tmwor" target="_blank">https://hub.yt-project.org/nb/2tmwor</a><br></div><div><br></div><div>The notebook has a full statement of the problem. In essense, I'm not sure I understand why streams that I believe should terminate instantly upon launch (because they should walk directly out of the box) have thousands of elements in them (instead of one). I assume there are one or more misconceptions in my understanding, and I'd really welcome any suggestions. </div>





<div><br></div><div>thanks,</div><div><br></div><div>Jeff</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>