<div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>Yep, after it wasn't working on my large dataset, I tried it out on DD0010/moving7_0010 and it fails: <a href="http://paste.yt-project.org/show/3948/">http://paste.yt-project.org/show/3948/</a></div>
<div><br></div><div>Chris</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 15, 2013 at 6:42 PM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Chris,<br>
<br>
Can you replicate it on a small sample dataset, like IsolatedGalaxy?<br>
( <a href="http://yt-project.org/data/" target="_blank">http://yt-project.org/data/</a> )  If so I can debug it here, too.  My<br>
guess is I have done something sloppy in the 3.0 modifications to the<br>
triangle extraction.<br>
<br>
-Matt<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, Oct 16, 2013 at 10:40 AM, Chris Malone <<a href="mailto:chris.m.malone@gmail.com">chris.m.malone@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Matt,<br>
><br>
> Ah, that solution seems obvious in hindsight - I didn't even think about the<br>
> env vars.<br>
><br>
> I'll try what you suggest and see if I can track it down.<br>
><br>
> Chris<br>
><br>
><br>
> On Tue, Oct 15, 2013 at 6:36 PM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Chris,<br>
>><br>
>> On Wed, Oct 16, 2013 at 10:32 AM, Chris Malone <<a href="mailto:chris.m.malone@gmail.com">chris.m.malone@gmail.com</a>><br>
>> wrote:<br>
>> > Hi all,<br>
>> ><br>
>> > I'm trying to extract some data for a surface, but am getting a segfault<br>
>> > in<br>
>> > the `YTSurfaceBase.get_data` method - probably the same thing as this<br>
>> > [1] yt<br>
>> > issue.  I've tracked it down to the `FillTriangleValues` call in<br>
>> > `march_cubes_grid` with a combination of pdb and gdb.  I can't figure<br>
>> > out<br>
>> > what is wrong, however, because all the variable values are optimized<br>
>> > out.<br>
>> ><br>
>> > So my question:  anyone know how to re-run setup.py and turn on<br>
>> > debugging<br>
>> > flags for cython code?<br>
>><br>
>> Yup!  I have debugged this exact routine before, but thought I got all<br>
>> of the errors.  Here's what I do:<br>
>><br>
>> Comment out all the @cython optimizers over top of the routine in<br>
>> question.<br>
>> export CFLAGS=-O0<br>
>> rebuild<br>
>><br>
>> GDB then will have the comments and variables, and it will also have<br>
>> comments pointing at the line in question.  My recollection is that<br>
>> there was some problem with getting the triangles if you sampled<br>
>> without getting the samples first, so that may be the issue -- if you<br>
>> extract, try grabbing the field first before exporting.  Something<br>
>> like:<br>
>><br>
>> surf = ...<br>
>> surf["Whatever"]<br>
>> surf.export_obj(...)<br>
>><br>
>> I couldn't figure out why this was resulting in bad values, but I can<br>
>> also try to take a look this week.<br>
>><br>
>> -Matt<br>
>><br>
>> ><br>
>> > I've found information about cygdb, which would probably be easier than<br>
>> > pdb+gdb.  Their documentation says to rebuild with the --pyrex-gdb flag<br>
>> > to<br>
>> > setup.py, but that doesn't seem to be recognized by setuptools.  Other<br>
>> > webpages say to set the "-g" or "--cython-gdb" flags, but those also do<br>
>> > not<br>
>> > work.<br>
>> ><br>
>> > Chris<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > [1]<br>
>> ><br>
>> > <a href="https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issue/633/vertices-not-correctly-created-in-surface" target="_blank">https://bitbucket.org/yt_analysis/yt/issue/633/vertices-not-correctly-created-in-surface</a><br>

>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-dev mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
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yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>