<div dir="ltr">Ah this file is it, I guess I didn't know reading the particles for the 3D objects was in a whole different file.<div><br></div><div style>Thanks, I'll look into it.</div><div style><br></div><div style>
From</div><div style>G.S.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 1, 2013 at 3:39 PM, Stephen Skory <span dir="ltr"><<a href="mailto:s@skory.us" target="_blank">s@skory.us</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Geoffrey,<br>
<div class="im"><br>
> I am interested at least in fixing it, because I may use this directly in my<br>
> research, so I was wondering if anyone has worked on 3D containers to help<br>
> me out in digging for the cause of this?<br>
<br>
</div>It is unfortunate that Matt is on vacation because he would be the<br>
best equipped to answer this, but I've done some particle stuff in yt<br>
for enzo data, so I'll take a shot.<br>
<br>
One answer is you'll have to add some functions to<br>
yt/utilities/hdf5_light_reader.c that can select out particles from an<br>
ellipsoid. You can see how it's done for a cylinder, sphere, or<br>
right-angled region already. You'll also have to make some<br>
commensurate changes in the python interface such that these new<br>
functions are called, but for the time being you can study that .c<br>
file and decide if that's the route you want to go down, since that is<br>
the hardest part!<br>
<br>
Another answer is to make your changes in yt-3, which is still under<br>
heavy development. In particular, it is using a different model of how<br>
to read in and process data, which may make your life easier. I am not<br>
knowledgable enough to help you with that, you will have to wait on<br>
Matt for this.<br>
<br>
A more hacky route is to kludge it for the time being and do something<br>
like this.<br>
- For the ellipsoid create a sphere that contains it entirely.<br>
- Get the particle positions from the sphere.<br>
- Apply the math you use to select cells to these particle positions,<br>
keeping particles that are inside. With this you can create a mask<br>
which you can use to apply to other fields (e.g.<br>
big_enough_sphere['ParticleMassMsun'][mask])<br>
<br>
Good luck!<br>
<br>
--<br>
Stephen Skory<br>
<a href="mailto:s@skory.us">s@skory.us</a><br>
<a href="http://stephenskory.com/" target="_blank">http://stephenskory.com/</a><br>
<a href="tel:510.621.3687" value="+15106213687">510.621.3687</a> (google voice)<br>
_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div>