Hi Matt,<br><br>Yeah, I think that would be great. This was actually on the Berkeley Astro department cluster Henyey, so I'm not sure how immediately relevant a specific warning would be to people at other institutions, but a note that having something in CFLAGS can potentially mess up your h5py module could save people some time down the road. <br>
<br>-Andrew M<br>
<br><div class="gmail_quote">
On Tue, Apr 3, 2012 at 6:34 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com" target="_blank">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Hi Andrew,<br>
<br>
Sorry for the delay in replying, and thanks for reporting this.  Do<br>
you think it would be sufficient to just detect if CFLAGS is not empty<br>
and report that to the user, noting that it could cause issues?<br>
<br>
Also, if you don't mind my asking, which supercomputer was this?  We<br>
can put a note in the script about the modules.<br>
<br>
-Matt<br>
<div><div><br>
On Fri, Mar 30, 2012 at 9:45 PM, Andrew Myers <<a href="mailto:atmyers@berkeley.edu" target="_blank">atmyers@berkeley.edu</a>> wrote:<br>
> Hello yt developers,<br>
><br>
> I don't know if this is a "bug," exactly, but I noticed an issue when doing<br>
> a clean install of yt today involving the h5py install. Namely, it looks<br>
> like if you have an non-empty CFLAGS environment variable (which can happen<br>
> without your knowledge if you load certain module files in a supercomputing<br>
> environment, for example), the h5py build will proceed without getting the<br>
> "-fno-strict-aliasing" flag and the resulting module will not work. You can<br>
> get around this either by 1) clobbering CFLAGS, or 2) adding<br>
> "-fno-strict-aliasing" to it and re-running the script.<br>
><br>
> It seems like the install script should either detect this and work around<br>
> it, or else warn you that the h5py build has gone of the rails after the<br>
> installation, because the tracebacks you get from trying to use the<br>
> whacked-out h5py module are not very illuminating. I would do this myself,<br>
> but I'm not sure my shell scripting skills are up to the task.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Andrew<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br>