Thanks! That looks great.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 3, 2012 at 10:40 AM, Matthew Turk <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Cool.  I committed this in 2af699ff04a4.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Tue, Apr 3, 2012 at 11:49 AM, Andrew Myers <<a href="mailto:atmyers@berkeley.edu">atmyers@berkeley.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Matt,<br>
><br>
> Yeah, I think that would be great. This was actually on the Berkeley Astro<br>
> department cluster Henyey, so I'm not sure how immediately relevant a<br>
> specific warning would be to people at other institutions, but a note that<br>
> having something in CFLAGS can potentially mess up your h5py module could<br>
> save people some time down the road.<br>
><br>
> -Andrew M<br>
><br>
><br>
> On Tue, Apr 3, 2012 at 6:34 AM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Andrew,<br>
>><br>
>> Sorry for the delay in replying, and thanks for reporting this.  Do<br>
>> you think it would be sufficient to just detect if CFLAGS is not empty<br>
>> and report that to the user, noting that it could cause issues?<br>
>><br>
>> Also, if you don't mind my asking, which supercomputer was this?  We<br>
>> can put a note in the script about the modules.<br>
>><br>
>> -Matt<br>
>><br>
>> On Fri, Mar 30, 2012 at 9:45 PM, Andrew Myers <<a href="mailto:atmyers@berkeley.edu">atmyers@berkeley.edu</a>><br>
>> wrote:<br>
>> > Hello yt developers,<br>
>> ><br>
>> > I don't know if this is a "bug," exactly, but I noticed an issue when<br>
>> > doing<br>
>> > a clean install of yt today involving the h5py install. Namely, it looks<br>
>> > like if you have an non-empty CFLAGS environment variable (which can<br>
>> > happen<br>
>> > without your knowledge if you load certain module files in a<br>
>> > supercomputing<br>
>> > environment, for example), the h5py build will proceed without getting<br>
>> > the<br>
>> > "-fno-strict-aliasing" flag and the resulting module will not work. You<br>
>> > can<br>
>> > get around this either by 1) clobbering CFLAGS, or 2) adding<br>
>> > "-fno-strict-aliasing" to it and re-running the script.<br>
>> ><br>
>> > It seems like the install script should either detect this and work<br>
>> > around<br>
>> > it, or else warn you that the h5py build has gone of the rails after the<br>
>> > installation, because the tracebacks you get from trying to use the<br>
>> > whacked-out h5py module are not very illuminating. I would do this<br>
>> > myself,<br>
>> > but I'm not sure my shell scripting skills are up to the task.<br>
>> ><br>
>> > Thanks,<br>
>> > Andrew<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > yt-dev mailing list<br>
>> > <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> > <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
>> ><br>
>> _______________________________________________<br>
>> yt-dev mailing list<br>
>> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
>> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> yt-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
> <a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>