I can run parallelHOP in parallel, doesn't that mean I already have an mpi-capable interpreter?<div><br></div><div>From</div><div>G.S.<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 16, 2012 at 4:43 PM, Nathan Goldbaum <span dir="ltr"><<a href="mailto:goldbaum@ucolick.org">goldbaum@ucolick.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>Hi Geoffrey,</div><div><br></div><div>You may need to build an mpi-capable python interpreter by hand.  See: <a href="http://mpi4py.scipy.org/docs/usrman/appendix.html#mpi-enabled-python-interpreter" target="_blank">http://mpi4py.scipy.org/docs/usrman/appendix.html#mpi-enabled-python-interpreter</a></div>
<br><div>
<div style="word-wrap:break-word"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
Nathan Goldbaum<br>Graduate Student<br>Astronomy & Astrophysics, UCSC<br><a href="mailto:goldbaum@ucolick.org" target="_blank">goldbaum@ucolick.org</a><br><a href="http://www.ucolick.org/~goldbaum" target="_blank">http://www.ucolick.org/~goldbaum</a></div>
</span></div></span></div>
</div>
<br><div><div><div class="h5"><div>On Mar 16, 2012, at 4:37 PM, Geoffrey So wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">Hi all, I was trying out pobj_demo.py from the workshop to see if I can parallelize my halo analysis script, but I ran into the problem where I see:<div>
<br></div><div>>mpirun -n 2 python pobj_demo.py --parallel</div><div>
<br></div><div>gives a warning at the end</div><div><br></div><div>yt : [WARNING  ] 2012-03-16 16:25:05,445 parallel_objects() is being used when parallel_capable is false. The loop is not being run in parallel. This may not be what was expected.<br>

</div><div><br></div><div>I've done a</div><div>yt instinfo -u and got the latest tip:</div><div><br></div><div><div>052fac826701 (yt) tip</div></div><div><br></div><div>but the problem persists.  I've tried printing inside the parallel loops</div>

<div><br></div><div><div>for sto, sp in parallel_objects(spheres, num_procs, storage = my_storage):</div><div>    print ytcfg.getint("yt", "__global_parallel_rank")</div><div>    sto.result = sp.quantities['TotalQuantity']('CellMass')</div>

<div>    sto.result_id = '%4e %4e %4e' % (sp.center[0], sp.center[1],sp.center[2])</div></div><div><br></div><div>and I always get "0", but 20 of them, so I'm guessing that confirms the loop isn't running in parallel, and just runs the 10 spheres serially on 2 processors, so I get double the results.</div>

<div><br></div><div>Am I doing something wrong or missed something?</div><div><br></div><div>From</div><div>G.S.</div><div><br></div><div><br></div></div></div>


!DSPAM:10175,4f63cec725372860820662!
_______________________________________________<br>yt-dev mailing list<br><a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br><br>!DSPAM:10175,4f63cec725372860820662!<br></blockquote></div><br></div><br>_______________________________________________<br>
yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:yt-dev@lists.spacepope.org">yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>