Ok, call off the troops.  It looks like we made a bit of a mistake over here.  After checking two particles lists made on the same data with yt FOF and inline FOF, we've found that the particle lists are actually nearly identical.  The only difference is that yt FOF is completely missing 4 small (~600 particles for a 128^3 sim) halos that are found by the inline FOF.  We still don't know what is the cause of this.  Making a projection of the position where the inline FOF finds one of these missing halos, it looks like there might be something there, but it's pretty marginal given the size of the halo.<br>
<br>Anyway, I would say it's safe to return to Defcon 5.  I apologize for causing a fuss and wasting people's time.  We should have looked a little more carefully at the issue.  We're still working out some issues over here, but I don't think they involve the halo finders.<br>
<br>Sorry again for the inconvenience.<br><br>Britton<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 15, 2009 at 10:46 AM, John Wise <span dir="ltr"><<a href="mailto:jwise@astro.princeton.edu">jwise@astro.princeton.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap: break-word;"><div>Hey Britton and Stephen,</div><div><br></div><div>Unless it was already obvious, I just wanted to chime in that the inline FOF uses the same particles IDs in the main calculations of enzo.</div>
<div><br></div><font color="#888888"><div>John</div></font><div><div></div><div class="h5"><br><div><div>On 15 Oct 2009, at 12:43, Britton Smith wrote:</div><br><blockquote type="cite">Stephen,<br><br>It looks like if I take any random particle in a halo made with yt FOF, it's in a completely different halo in inline FOF, or not in any halo at all.  Michele is checking this out right now, but it basically looks like the particle lists for the same halo found with the two different methods are completely different.<br>

<br>Britton<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 15, 2009 at 10:22 AM, Stephen Skory <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephenskory@yahoo.com" target="_blank">stephenskory@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Britton,<br>
<div><br>
>I'll check the yt FOF IDs against Enzo right now.  The halo output of the code seems just fine, so if there's a bug, it's minor.  I'll let you know what I find.<br>
<br>
</div>I remembered that the kD tree yt FOF uses is a bit inaccurate, and that could be a source of difference between the two sets of FOF haloes. But you said the differences were huge, and the kD inaccuracy should give only small differences, especially in FOF. Just a thought.<br>


<div><div></div><div><br>
 _______________________________________________________<br>
<a href="mailto:sskory@physics.ucsd.edu" target="_blank">sskory@physics.ucsd.edu</a>           o__  Stephen Skory<br>
<a href="http://physics.ucsd.edu/%7Esskory/" target="_blank">http://physics.ucsd.edu/~sskory/</a> _.>/ _Graduate Student<br>
________________________________(_)_\(_)_______________<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">Yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
_______________________________________________<br>Yt-dev mailing list<br><a href="mailto:Yt-dev@lists.spacepope.org" target="_blank">Yt-dev@lists.spacepope.org</a><br><a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
</blockquote></div><br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Yt-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Yt-dev@lists.spacepope.org">Yt-dev@lists.spacepope.org</a><br>
<a href="http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org" target="_blank">http://lists.spacepope.org/listinfo.cgi/yt-dev-spacepope.org</a><br>
<br></blockquote></div><br>